Definicja metoda odcisku stopy (ang. footprinting method)

Opis hasła
Metoda pozwalająca badać oddziaływania białek ze specyficznymi rejonami DNA.
Metoda ta polega na inkubacji białka ze znakowanym na końcu cząsteczki fragmentem kwasu nukleinowego, a następnie degradacji DNA (np. przy wykorzystaniu DNazy I lub rodników hydroksylowych) przeprowadzonej w taki sposób, aby jedno cięcie nukleolityczne w mieszaninie reakcyjnej przypadało statystycznie raz na jedną cząsteczkę DNA. Uzyskaną mieszaninę fragmentów DNA rozdziela się następnie elektroforetycznie w żelu poliakryloamidowym, stosując warunki pozwalające na rozróżnienie fragmentów różniących się między sobą długością jednego nukleotydu.
Przy braku oddziaływania białka z DNA na elektroforegramie teoretycznie powinna być widoczna drabinka prążków odpowiadających poszczególnym fragmentom częściowo zdegradowanego DNA - każdy fragment różniący się długością o jeden nukleotyd od następnego.
W wyniku oddziaływania badanego białka z DNA, na obszarze oddziaływania kwas nukleinowy będzie niedostępny dla czynnika degradującego (np. enzymu) i na elektroforegramie nie będzie prążków odpowiadających rejonowi DNA, z którym połączyło się dane białko.
Stanowi to tak zwany "odcisk stopy", wskazujący z jaką sekwencją DNA oddziaływuje badane białko.