Definicja aktywator transkrypcji (ang. transcriptional activator)

Opis hasła

Związek, zwykle białko lub białko połączone z niskocząsteczkowym kofaktorem, stymulujący inicjację transkrypcji z danego promotora. Aktywatory transkrypcji występują zarówno w komórkach prokariotycznych jak i eukariotycznych.
Eukariotyczne aktywatory transkrypcji mogą być specyficzne dla każdego rodzaju polimerazy RNA (polimerazy RNA I, II lub III) lub być czynnikami biorącymi udział w stymulacji transkrypcji przez wszystkie trzy polimerazy RNA.

Szczegóły procesów stymulacji transkrypcji przez specyficzne aktywatory są dokładniej poznane w komórkach prokariotycznych.
Prokariotyczne aktywatory transkrypcji zwykle (ale nie zawsze), łączą się z DNA w okolicach promotora i zawsze oddziaływują bezpośrednio z polimerazą RNA. Mogą one stymulować zarówno proces specyficznego przyłączania się polimerazy RNA do sekwencji promotora (zwiększając stałą wiązania, K_B), lub proces przejścia kompleksu polimerazy RNA z fragmentem DNA z formy kompleksu zamkniętego w kompleks otwarty, czyli izomeryzację (wpływając na stałą izomeryzacji, k_f), lub proces opuszczania rejonu promotora przez rozpoczynającą transkrypcję polimerazę RNA.
Prokariotyczne aktywatory transkrypcji mogą oddziaływać z różnymi podjednostkami polimerazy RNA (a, b, b', s, w), aczkolwiek najczęściej miejscami kontaktu z różnymi białkami aktywatorowymi są: domena na końcu C podjednostki a oraz podjednostka s⁷⁰.
Zaproponowano dwie klasyfikacje prokariotycznych aktywatorów transkrypcji.
Jedna z nich bierze pod uwagę podjednostkę, z którą dany aktywator oddziaływuje; np. aktywatory oddziaływujące z podjednostką a (produktem genu rpoA) zaliczane są do klasy A, aktywatory oddziaływujące z podjednostką b (produktem genu rpoB) zaliczane są do klasy B, itd. Aktywatory oddziaływujące z dwoma podjednostkami, np. a i s⁷⁰) (produktami genów rpoA i rpoD), zaliczane są do klas o dwuliterowym symbolu, np. AD.
Druga z klasyfikacji jest kontynuacją tradycyjnego grupowania aktywatorów ze względu na ich miejsce wiązania się z DNA i oddziaływania z poszczególnymi rejonami polimerazy RNA. Do klasy I należą aktywatory łączące się z DNA przed promotorem (w okolicach rejonu -60 lub dalej) i oddziaływujące z domeną na końcu C podjednostki a polimerazy RNA. Do klasy II należą aktywatory łączące się z DNA w obrębie promotora (zwykle w pobliżu rejonu -40) i oddziaływujące z podjednostką s⁷⁰ i/lub z domeną na końcu N podjednostki a. Do klasy III należą czynniki transkrypcyjne oddziaływujące z podjednostką b, zaś do klasy IV białka oddziaływujace z podjednostką b' polimerazy RNA.